Las relaciones entre la República de Chile y la República de Filipinas son de larga data y se remontan al tiempo de la colonia española, caracterizadas por el comercio de mercancías entre Manila y Santiago. En 1819 se estableció la primera empresa chilena de navegación, Compañía de Calcuta, con el objeto de establecer comercio entre Manila, China e India. Posteriormente, entre 1844 y 1845, se establecieron tres consulados honorarios de Chile en Asia —Cantón, Hong Kong y Manila—, con el fin de promover productos nacionales tales como el cobre, los nitratos y las exportaciones de trigo al continente asiático.

En 1946, Chile fue uno de los 22 países que asistieron al nacimiento de la República, reconociendo oficialmente al nuevo Estado. En la década de 1960, Chile nombró embajadores concurrentes en las Filipinas desde Japón, mientras que, en 1967, la primera misión diplomática residente abrió sus puertas en Manila.

Filipinas dio apoyo a Chile para ser parte de APEC. Posteriormente, en reconocimiento a los generosos esfuerzos realizados por el ex secretario de Relaciones Exteriores de Filipinas, Roberto Rómulo, Chile le otorgó la condecoración "Gran Cruz de la Orden Nacional al Mérito" en 1999.

En los últimos 20 años se han celebrado nueve acuerdos que han permitido el mejoramiento de los diversos ámbitos que componen la relación bilateral, entre ellos: Memorando de Entendimiento en la Agricultura; Acuerdo Fitosanitario de Regulación de las Importaciones de Frutas, Promoción y Protección Recíproca de Inversiones; Convenio Cultural; Acuerdo de Cooperación en Materias de Minería; Memorando de Entendimiento entre universidades a través del programa "Inglés Abre Puertas" del Ministerio de Educación de Chile, orientado a cursos de perfeccionamiento de inglés en las Filipinas para estudiantes chilenos, entre otros.