Desde el establecimiento de relaciones diplomáticas el 22 de mayo de 1979, la vinculación entre la República de Chile y Malasia se ha orientado especialmente hacia el ámbito económico y la colaboración en organismos internacionales. La apertura de la embajada de Chile en Malasia en 1989 marcó un hito relevante en la profundización de los lazos bilaterales.

Durante los años 1990, la relación se fortaleció considerablemente con un enfoque en la cuenca del Pacífico, la cooperación sur-sur y el movimiento de los No Alineados. Un aspecto destacado de este período fue el apoyo decisivo de Malasia para que Chile ingresara a APEC en 1994.

En el ámbito comercial, la firma del Tratado de Libre Comercio en 2010, en vigor desde 2012, ha sido fundamental para mantener una relación económica robusta. Entre los avances recientes destacan la Certificación Halal (2010), el Acuerdo de Servicios Aéreos Chile-Malasia (2012) y la implementación de la Certificación Electrónica de Origen, que han facilitado un mayor acceso al mercado malasio.

En noviembre de 2018 se realizó en Santiago la primera reunión del Comité Conjunto entre ambos países, con el objetivo de evaluar la implementación del TLC en áreas como bienes, reglas de origen, medidas sanitarias y fitosanitarias, obstáculos técnicos al comercio y cooperación. En 2023 se llevó a cabo su segunda versión, reafirmando el compromiso de ambos países para optimizar los beneficios del acuerdo.

Una área clave de colaboración bilateral es la cooperación en materia Antártica. El Instituto Chileno Antártico ha estrechado vínculos con instituciones como el Centro Nacional de Investigación Antártica de Malasia y la Academia de Ciencias de Malasia, permitiendo la realización de investigaciones conjuntas en el continente antártico. Además, se han renovado acuerdos de cooperación para promover investigaciones científicas hasta 2026.